医薬総合研究会は、薬剤師有志により、平成15年5月に発足しました。
当時の会長・小貫中は次のように述べています。

「医薬分業の進展により、薬局の現場では薬剤師が日々患者さんと接するようになりました。医薬総合研究会は、そのような現場において常に新しい知識・技術を習得し、質の高い薬学的ケアを行うため、有志の開局薬剤師により発足しました。」

その後、平成17年1月7日付で、公益財団法人日本薬剤師研修センターより、研修認定薬剤師制度 実施要領「2の(1)のコ」に基づく「その他」の研修実施機関として登録されました。

当会は、平成30年4月2日付で、任意団体から一般社団法人に移行しました。